1984年，山西省眼科医院按专业进行分组，将当时的眼二科定为眼肌病科。斜视与小儿眼科是2000年11月，在原眼肌病科基础上由香港渣打银行资助，奥比斯援建，人员和设备均按照国际眼科标准配备而成立的科室，在全国眼科医疗机构中为首个斜视与小儿眼科，是山西省重点学科、医院的重点专科。
目前，科室设床位30张，医生7人，护士21人，与眼整形科、泪道病科共用一个护理单元。其中主任医师2人，副主任医师1人，主治医师4人，副主任护师1人；博士研究生1人，硕士研究生5人；硕士生导师2人，山西医科大学兼职教授2人、副教授1人。科主任为张丽军，副主任为冯雪亮；护士长为刘亚妮，副护士长为姚霞。
山西省眼科医院斜视与小儿眼科开展的主要技术项目：斜视弱视、眼肌病、眼睑下垂、小儿白内障、眼外伤、泪道疾病、眼睑痉挛、儿童视觉康复训练等，治愈率达90%以上。科室特色有：上斜肌肌腱延长术，眼外肌转位术治疗动眼神经麻痹，改良眼外肌转位术治疗外展神经麻痹及外伤性直肌断裂，高度近视性固定性内下斜视矫正术，斜视手术联合调整缝线术，大角度外斜视创新手术，肉毒杆菌素眼外肌注射治疗麻痹性斜视，儿童无晶体眼二期人工晶体后固定术，本体感受器切除治疗先天性眼球震颤，脑力影像感知觉学习治疗儿童弱视及视功能缺损。
经过近30年的发展，山西省眼科医院斜视与小儿眼科已逐渐规范了小儿眼病的诊疗手段，完善了小儿眼病的诊疗护理流程，从弱视治疗到斜视的矫正、完成双眼视的建立，最终达到视功能的恢复，为一个个小患者画上完美句号。每年门诊量达3万人次且逐年增长，尤其是小儿眼病及斜视、弱视、眼肌病方面更是独树一帜。
2001年和2013年先后两次与国际奥比斯合作，顺利完成“看得见的希望”基层培训、视力筛查、分级诊疗、项目评估、贫困资助等工作，为全国西部地区及全省培养大量小儿眼科医生及儿童眼保健人员，逐渐提高基层、儿保机构对儿童眼病的认识及接诊能力，使儿童眼保健工作逐步铺开。利用国际合作平台，全面提升自身水平，进入全国先列行业，多次接待奥比斯小儿眼科专家讲学，进行手术及学术交流，圆满完成国际合作的HBP项目。每年举办全国斜视与小儿眼科继续教育学习班，“医卫双优下基层”小儿眼病巡讲及培训活动如期进行。
注重科室人才梯队建设，博士培养按计划进行，山西省眼科医院斜视与小儿眼科每年参加国际、国内眼科学术大会并在大会发言，多人在美国、英国、日本、新加坡、印度研修学习。
2016年新的五年规划开始实施。根据国家卫健委精神，预防、康复、保健是今后发展方向，所以开展近视防控、视功能康复是近五年新目标，加强视光知识储备，培养相关学科人才，成立视功能检查训练室，已经做了积极准备。
近年来，开展科研20余项，获山西省科技进步奖8项，其中二等奖5项、三等奖3项；开展新技术新项目13项；获国家专利一项。在国内专业杂志发表论文100余篇，其中 SCI收录4篇，中华眼科杂志30篇。